その建物の所有者に申請義務があります。

建物の滅失の登記がなされると、その建物の表題部に抹消の表示がされて登記簿は閉鎖されます。
また、建物の滅失登記を行うと、所有権の登記や抵当権の登記などの権利に関する登記は残ったまま登記簿が閉鎖されます。

建物滅失登記の手続きは、次のような流れで進めます。

1. 法務局閲覧調査

2. 建物現地調査

3. 登記申請書類作成

4. 建物滅失登記申請

建物滅失登記の手続きに必要な書類には、次のようなものがあります。

1. 滅失証明書（取壊業者の証明書、焼失は消防署の証明書）

2. 印鑑証明書

3. 委任状

※必要な書類は、条件により変わりますので、詳しくはお問い合わせください。

おおむね40,000円～50,000円程度です。

その他、複雑さや添付書類で個々に異なります。
※詳しくはお問い合わせください。

Ａさんから土地を購入し、建物を新築したのですが、登記簿には、Ａさんとは全く関係のないＢさん所有の建物が記載されていました。私はどうすればいいのでしょうか？

建物滅失登記は、建物が滅失した時から１ヶ月以内にその所有者が申請しなければなりません。
所有者が死亡したときは、その相続人から相続証明書を添付して申請することになっています。また、所有者が変更したときは新所有者から申請することも可能です。
この事例を推測すると、Ｂさんの建物はかなり昔に取り壊したもので、土地の所有権が代々移り変わったにもかかわらず、この建物だけが登記上残ってしまったようです。
この場合、Ｂさんの相続人がわかればいいのですが、不明な場合は法務局の登記官に対して、現地調査のうえ職権によって建物の抹消登記をするように申し出をすることができます。
もし滅失登記を申請するか、滅失登記の申し出をしなければ、今後いつまでも建物登記簿に残ることになってしまいます。